En el periodo comprendido entre mayo de 2003 y enero de 2009, los cuatro países ejecutaron el Proyecto para la Protección Ambiental y Desarrollo Sostenible del Sistema Acuífero Guaraní.

La iniciativa fue implementada con recursos donados por el Fondo para el Medio Ambiente Mundial (GEF) y contrapartidas de los países, con el apoyo del Banco Mundial, como Agencia de Implementación, y de la Organización de los Estados Americanos, como Agencia Ejecutora regional, elegida por los países. El proceso de ejecución del Proyecto permitió a los países profundizar el conocimiento técnico, desarrollar instrumentos de gestión específicos y un Programa Estratégico de Acción, dirigido a fortalecer las capacidades institucionales, la participación pública y la cooperación regional para la gestión sostenible del acuífero.